Необходимость приобретения специального дорогостоящего оборудования для переработки, затраты на трудоресурсы, строгие требования к качеству исходного и конечного продукта затрудняют возможность всем использовать данный метод переработки отходов, поскольку небольшим предприятия м попросту это не выгодно, даже не смотря на не малую стоимость рыбной муки.
Если посмотреть критически, то также ясно, что чем выше стоимость муки устанавливает продавец, чтобы окупить свои затраты, тем сложнее ее реализовать. Объём рыбной муки составляет 20% - 25% от всей массы отходов. Но даже в результате переработки рыбных отходов остаются отходы, которые подлежат утилизации.
Такой вид переработки отходов подходит преимущественно для крупных производителей рыбы. Когда затраты на переработку нивелируются прибылью от переработанных отходов и даже могут снизить стоимость рыбных продуктов.
В других случаях предприятиям необходимо утилизировать рыбные отходы. Альтернативным вариантом является сжигание таких отходов в инсинераторе, в результате чего остаётся стерильный пепел, он не содержит такое количество белка, поскольку белок распадается под воздействием высокой температуры, но всеравно является полезным ресурсом для удобрения почвы, такой пепел также используют в кормах для животных в небольших количествах, ведь в нем концентрируются полезные микроэлементы. Такой способ утилизации биологических отходов полностью безопасен, его предпочитают предприятия, которые заботятся об экологии.